Bằng chứng giải phẫu so sánh: là bằng chứng dựa trên sự giống nhau về đặc điểm giải phẫu.
Các loài có cấu tạo giải phẫu càng giống nhau thì càng có quan hệ họ hàng càng thân thuộc.
Sự tương đồng về các đặc điểm giải phẫu giữa các loài là những bằng chứng gián tiếp cho thấy những sinh vật hiện nay được tiến hoá từ một tổ tiên chung.
Bằng chứng phôi sinh học: những đặc điểm giống nhau trong phát triển phôi của các loài thuộc các nhóm phân loại càng nhiều và kéo dài chứng tỏ quan hệ họ hàng giữa chúng càng gần.
Bằng chứng địa lý sinh học: mỗi sinh vật phát sinh trong một thời kì lịch sử nhất định, tại một vùng nhất định. Từ trung tâm đó, loài đã mở rộng phạm vi phân bố và tiến hoá theo con đường phân ly, thích nghi với những điều kiện địa lý, sinh thái khác nhau.
Bằng chứng sinh học phân tử và tế bào học:
- Những bằng chứng về tế bào học và sinh học phân tử chứng tỏ nguồn gốc thống nhất của sinh giới.
- Bằng chứng tế bào học cho thấy mọi sinh vật đều được cấu tạo từ tế bào, các tế bào được sinh ra từ tế bào sống trước nó.
- Các bằng chứng về sinh học phân tử cho thấy sự thống nhất về cấu tạo và chức năng của ADN, của prôtêin; mã di truyền.
- Các loài càng có họ hàng gần gũi thì trình tự, tỉ lệ các axit amin và các nuclêôtit càng giống nhau và ngược lại.
