Ở Nhật Bản vận tải đường biển phát triển nhất, nguyên nhân chính là do:

- Cở sở để phát triển vận tải đường biển là hệ thống các cảng biển và hậu phương cảng. Mặt khác việc hình thành các cảng biển phụ thuộc chủ yếu vào điều kiện tự nhiên ở khu vực đó (bờ biển khúc khuỷu, các vũng vịnh kín gió, sâu..).

- Nhật Bản là một quốc gia quần đảo, lãnh thổ bao gồm 4 đảo lớn (Hôn-su, Hô-cai-đô, Kiu-xiu, Xi-cô-cư) và hàng nghìn hòn đảo nhỏ; bờ biển khúc khuỷu có nhiều vũng vịnh thuận lợi cho việc xây dựng các cảng biển -> vì vậy vận tải đường biển phát triển mạnh nhất.

=> Đặc điểm lãnh thổ quần đảo và đường bở biển là điều kiện cơ sở, quan trọng nhất để phát triển ngành vận tải đường biển ở Nhật Bản.